La Facultad de Microbiología nació como la Sección de Bacteriología de la Facultad de Ciencias, en 1947. En 1950, se sustituyó el nombre de la Sección por el de Microbiología. Con la apertura del edificio de Microbiología en 1959, se inició el conjunto arquitectónico y académico de las Ciencias Médicas. Así, en este edificio se instaló la dirección de la Facultad de Medicina, el Departamento de Biología, la Sección de Salud del Departamento de Bienestar y Orientación, mientras se construían sus edificios.

A partir de 1953, Microbiología fue dotada de profesores de tiempo completo, becas y subsidios para mejorar la preparación de docentes y graduados. Una de las preocupaciones de Rodrigo Facio Brenes (rector entre 1952-1961) fue establecer un escalafón profesional, pues la mayoría de los profesores sólo contaban con tiempos parciales, lo cual limitaba el crecimiento de la Institución y el mejoramiento de las condiciones de los trabajadores.

Esta medida, junto con la construcción de la Ciudad Universitaria y la Reforma Académica (1957), ayudó a optimizar el funcionamiento de la Universidad.

El edificio de Microbiología corresponde a la arquitectura moderna (estilo internacional). Uno de sus elementos más característicos es el mural con un diseño rítmico abstracto que cubre sus paredes exteriores, realizado con pequeños azulejos. Este recurso plástico, que también se encuentra en el edificio de la Facultad de Medicina y se eliminó de la Facultad de Ciencias Económicas, es coherente con el lenguaje de la arquitectura moderna.

En uno de sus jardines, se colocó el busto de Clodomiro Picado Twight, obra del escultor Juan Rafael Chacón, como un reconocimiento a la labor de científicos fallecidos.