En la Escuela Nacional de Agricultura, se enseñaba geología desde 1930. En 1941, cuando dicha escuela fue incorporada a la Universidad de Costa Rica como Facultad de Agronomía, geología formó parte del plan de estudios de agronomía. En el marco de la Reforma Universitaria (1957), se creó el Departamento de Geología. Por esta razón, en el proyecto de construcción de la Ciudad Universitaria, el edificio de la Facultad de Agronomía se ubicaría contiguo al de Geología.

Finalmente, en 1959, se concretó la edificación del Departamento de Geología y, en 1967, se estableció como la Escuela Centroamericana de Geología. Su construcción es muy transparente, pues posee grandes superficies con ventanas en todas las fachadas, rasgo que la convierte en un espacio con abundante iluminación. En general, su estructura consiste en concreto y ladrillo hueco.

El edificio de la Escuela de Geología ha experimentado las siguientes transformaciones:
la eliminación de los ventanales del vestíbulo principal para convertirlo en un aula,
la colocación de cubierta sobre la terraza del tercer piso y la edificación del auditorio.