La Facultad de Ciencias Económicas fue creada el 6 de marzo de 1943 y se inauguró el 3 de mayo de ese año, en conmemoración de los 100 años de la Casa de Enseñanza de Santo Tomás. Como gesto simbólico, el 3 de mayo de 1960 se inauguró su nuevo edificio en la Ciudad Universitaria. Esta edificación implicó la apertura del área de las Ciencias Sociales en el campus. Al principio en este edificio convivieron la Facultad de Derecho y la Escuela de Trabajo Social.

Hasta 1958, las construcciónes se habían llevado a cabo con fondos propios de la Institución (por ejemplo, con la venta de propiedades) y sin solicitar préstamos.
Sin embargo, ya para la construcción del edificio de la Facultad de Ciencias Económicas, se tuvo que recurrir a un crédito bancario.

Por eso, cuando se inauguró esta obra arquitectónica, Rodrigo Facio Brenes (rector entre 1952 y 1961) manifestó que no se contaba con reservas ni fondos para continuar con la construcción de la Ciudad Universitaria.

El actual edificio se construyó en tres etapas:
• 1960: secciones oeste, central, sur y el auditorio.
• 1996: primeros tres niveles del ala este.
• 2001: niveles 4 y 5 del ala este, plazoleta este y   las escaleras de emergencia.

La primera etapa responde a la arquitectura moderna (estilo internacional), caracterizada por el uso del concreto, forma de cajón, manejo de losas en cubiertas, presencia de parasoles y ausencia de aleros.